Zu den zentralen Aufgaben universitärer Wissenschaft gehört die Forschung. An der Theologischen Fakultät der PTHV findet sie auf verschiedenen Ebenen statt:

• Wissenschaftliche Qualifikationsarbeiten, von Diplom- und Lizentiatsarbeiten über Promotionen bis zu Habilitationen versuchen den Stand der Forschung zusammenzufassen und weiterzuführen.
• Die der Hochschule angegliederten Institute leisten ihren Beitrag durch Arbeitskreise, Fachtagungen und Publikationen.
• Die Mitglieder des Kollegiums führen eigenständig Forschungsprojekte durch.

Zur Sicherung guter wissenschaftlicher Praxis existiert an der PTHV eine Kommission zur Untersuchung von Vorwürfen wissenschaftlichen Fehlverhaltens. Der Senat wählte am 17. April 2009 zu Mitgliedern:

Prof. Dr. George Augustin

Prof. Dr. Dr. Klaus Vellguth

Prof. Dr. Frank Weidner

Die Aufgabe des Ombudsmanns wurde vom Senat am 17. April 2009 an Prof. Dr. Manfred Probst übertragen.