Die Institute (an) der PTHV prägen das Gesicht der Hochschule und markieren ihre Schwerpunkte in Forschung und Lehre:
- Das Institut für Wissenschaftliche Weiterbildung (IWW) ist dem Rektorat angegliedert und organisiert Weiterbildungs-Veranstaltungen beider Fakultäten. Es steht unter der Leitung von Prof.em. Alfred Schuchart SAC. Im Vorstand wirken Dozenten von Theologie und Pflegewissenschaft mit. Im Auftrag der Pallottiner am Ort Vallendar organisiert das IWW die jährlich im Januar stattfindenden Akademietage.
- Das im Oktober 2006 an der PTHV gegründete Ethik-Institut bearbeitet ethische Fragestellungen, v.a. für christliche Trägerorganisationen im Gesundheits- und Sozialwesen. Der Arbeitsschwerpunkt liegt auf der Medizin- und Pflegethik. Es steht unter der Leitung von Prof. Heribert Niederschlag SAC.
- Das Kardinal Walter Kasper Institut (KWKI) wurde 2005 errichtet. Es erforscht und sichert die Theologie und das ökumenische Engagement Kaspers für die kommenden Generationen, z.Z. vor allem durch die Neuherausgabe seiner Werke im Herder-Verlag. Direktor des Instituts ist Prof. George Augustin SAC.
- Das Institut für Theologie und Geschichte religiöser Gemeinschaften (IRG) (gegründet 2008) setzt sich in interdisziplinärer Forschung und Lehre mit der Geschichte geistlicher Gemeinschaften auseinander und reflektiert die aktuelle Situation in theologischer und spiritueller Perspektive. Ein Schwerpunkt ist dabei die Erforschung der Gestalt sowie des Charismas und der Wirkungsgeschichte Vinzenz Pallottis durch den dem Institut angegliederten Arbeitskreis Pallottinische Forschung (Pallotti-Institut der deutschsprachigen pallottinischen Gemeinschaften). Das Institut steht unter Leitung von Prof. Joachim Schmiedl ISch.
- Das Institut für angewandte Pflegeforschung (dip) hat einen zweiten Standort in Vallendar. Der neue dip-Standort soll ausdrücklich den Aufbau der Forschungsinfrastruktur in Vallendar begünstigen. Dazu wird dort zunächst für drei Jahre ein neuer Arbeitsschwerpunkt "Grundlagen der Pflege" aufgebaut. Im Schwerpunkt sollen bald schon Beiträge zur historischen Pflegeforschung und zu den theoretischen und methodischen Grundlagen der Pflege geleistet werden.